Résumé de séminaire

Résumé :

À l'instar de TreeView (Page, 1996) ou NJplot (Perrière et al, 2000), TreeDyn est un éditeur graphique dédié à la représentation des arbres phylogénétiques et/ou taxonomiques. La version 1.0 de TreeDyn a été présentée à Montpellier aux premières Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (Chevenet et al., 2000). Les particularités de TreeDyn V1.0 sont :

- la possibilité d'affichage d'un graphe dans un espace de dessin associé à des barres de défilement, ce qui permet, à l'aide du zoom, l'évitement des problèmes de recouvrement graphique quel que soit la taille de l'arbre ;

- des outils d'analyse exploratoire des arbres en permettant l'utilisation de labels relatifs à une information taxonomique, géographique, un trait d'histoire de vie, etc. L'utilisateur affiche une liste de labels et sélectionne un élément de cette liste : le ou les élément(s) graphique(s) porteur(s) de cette caractéristique sont mis en évidence. A l'inverse, l'opérateur focalise son attention sur le graphique, détecte un élément pertinent, porte le pointeur sur la zone de dessin correspondante et consulte le ou les label(s) associé(s) ;

- la gestion multiple de plusieurs arbres à des fins d'analyse comparative. A partir de plusieurs arbres portant sur les mêmes unités taxonomiques/évolutives, TreeDyn permet leur couplage graphique en répercutant les modifications graphiques d'une structure sur les autres. La sélection d'un noeud d'un arbre permet la sélection des mêmes feuilles, voir des mêmes ensembles de feuilles, sur les arbres associés.

Aujourd'hui, TreeDyn fait l'objet d'un projet qui s'inscrit au sein de l'action 2 " Informatique au service de la Biologie " du Programme inter-EPST Bio-informatique. Ce projet, intitulé " TreeDyn V2.0 ", a pour priorité le renforcement des acquis obtenus avec la première version, en particulier (1) la gestion des arbres phylogénétiques ayant un grand nombre d'unités taxonomiques/évolutives et (2) la gestion " parallèle " de plusieurs arbres.

Références :

Chevenet, F., Bañuls A.L., Barnabé, C. (2000). TreeDyn : un éditeur interactif d'arbres phylogénétiques. In Actes des Premières Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques. Caraux, G., Gascuel, O., Sagot, M.F. (eds), ENSAM/Montpellier, pp.87-90

Page, R.D.M. (1996) : TreeView : An application to display phylogenetic trees on personal computers. Computer Applications in the Biological Sciences, 12, 357-358.

Perrière, G., Duret, L. and Gouy, M. (2000) HOBACGEN: database system for comparative genomics in bacteria. Genome Res., 10, 379-385.