Résumé de séminaire

Résumé :

Les séquences répétées en tandem sont constituées de motifs adjacents. Elles constituent une classe de séquences génétiques fréquemment rencontrées dans les génomes eucaryotes. Dans cet exposé, je traite du problème de leur comparaison sous un modèle évolutif particulier. Plus précisément, je m'intéresse au problème de leur alignement dans lequel, en plus des trois opérations classiques, mutation, insertion et délétion, on considère l'amplification en tandem et la contraction en tandem. L'amplification copie un facteur de la séquence, c'est-à-dire un ou plusieurs caractère(s), et met le ou les exemplaire(s) du facteur copié à côté du facteur original ; la contraction est l'événement inverse. L'amplification (resp. la contraction) est dite n-aire d'ordre m, si elle copie (resp. retire) m motif(s) n fois. J'ai proposé lors de ma thèse une méthode donnant un score d'alignement entre deux séquences répétées en tandem, sous un modèle comprenant les cinq opérations précédemment citées où l'amplification et la contraction sont unaires d'ordre 1. Le problème est difficile car les opérations ne sont pas commutatives. Après une description de la méthode d'alignement, je présenterai les améliorations en cours.

Références :

Séverine Bérard est actuellement en post-doc à l'IML avec Alain Guénoche.

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