Séminaire du LIF
Jeudi 18 novembre à 14h - Luminy, Amphi 12
Claudine Chaouiya
LGPD, IBDM, Marseille
Modélisation dynamique qualitative des réseaux de régulation génétique :
de la modélisation logique aux réseaux de Petri
La complexité des réseaux de régulation génétique ne permet pas une compréhension intuitive des propriétés dynamiques de ces systèmes. On a donc recours à des méthodes mathématiques et informatiques spécifiques pour modéliser, analyser et simuler ces systèmes. Le formalisme logique permet une modélisation qualitative qui a déjà prouvé son utilité pour diverses applications. Par ailleurs, les réseaux de Petri (RdP) constituent un formalisme particulièrement adapté à la modélisation et l'analyse de systèmes présentant des situations de concurrence, synchronisation, parallélisme. Les RdP ont déjà été largement appliqués à la modélisation de réseaux de réactions biochimiques.
Après avoir introduit le formalisme logique, nous proposerons une ré-écriture systématique des modèles logiques de réseaux de régulation génique en RdP. Nous montrerons que les RdP obtenus nous permettent de retrouver des propriétés qualitatives importantes de nos réseaux de régulation. Nous conclurons sur les perspectives de ces travaux, portant sur l'analyse formelle de ces systèmes, mais aussi sur la modélisation de réseaux mixtes métaboliques-génétiques.
Home page : http://www.esil.univ-mrs.fr/~chaouiya/
[1] Chaouiya C, Remy E, Mossé B, Thieffry, D (2003). Qualitative analysis of regulatory graphs: a computational tool based on a discrete formal framework. LNCIS (Lecture Notes in Control and Information Sciences), 294, pp.119--126.
[2] M. Heiner, I. Koch (2004) Petri Net Based Model Validation in Systems Biology. LNCS (Lecture Notes in Computer Science), 3099, pp. 216--237.
[3] E. Remy, D. Thieffry, C.Chaouiya (2004) A Petri Net Formalism for Multi-Valued Logical Regulatory Graphs. Journal of Discrete Algorithms, accepted.